《了凡四训》是袁了凡以自传形式写成的劝善书，全书分为:立命之学、改过之法、积善之方、谦德之效四部分。其中前两部分是袁了凡的切身经历，而后两部分是袁了凡对古人改善命运思想的总结。
在立命之学部分，袁了凡记载了自己的身世和知命立命的经过。袁了凡幼年丧父，母亲让他学习医学，一来可以治病救人，二来能有一技之长。后来袁了凡在慈云寺见到了一位修髯伟貌、飘飘若仙的老者，便对他行礼。老者对袁了凡说你是仕途中人，明年就要进学了，为何不读书呢?袁了凡于是就把为何学医告诉了老者，并问老者的姓氏和家乡。老者说广我姓孔，云南人。我得到了邵雍皇极数的真传。袁了凡于是就把孔长者带到家中，并禀告母亲。袁母说要善待老人。之后，袁了凡就试验孔长者的皇极数，发现推算过去的事情毫无差错。他便有了重新读书的想法。于是，袁了凡找到了表兄沈称商量读书的事。表兄沈称说郁海谷先生在我朋友家幵馆教书，我把你送到那里去寄学吧。袁了凡之后就拜了郁先生为老师。
孔长者为袁了凡用皇极数推测命运：县考童生第十四名；府考第七十一名；提学考试第九名。接着又为袁了凡推算终身命运，把哪一年考试第一名，哪一年补廪，哪一年当贡，贡后哪一年当选四川某大尹都算得一清二楚。孔长者推算袁了凡的寿命是五十三岁，无子而终。
自推算命运之后，所有考试的名次先后，都和孔长者所算的一模一样。只有一样不符合：孔长者推算袁了凡食廪米九十一石五斗出贡，但当他食米七十一石的时候，屠宗师就批准袁了凡补贡。于是，袁了凡对孔长者的推算开始怀疑。后来，负责审核盖章的杨公驳斥了补贡的文书，直到丁卯（1567）年，殷秋溟宗师见到了袁了凡考试的备卷，感叹道：袁了凡所写的五策就是五篇奏议，怎么能够让他老于窗下呢？于是，就同意了出贡的文书。加上以前食米的总数，总共有九十一石五斗，这与孔长者的推算完全一致。袁了凡自此相信:冥冥之中都是命运的安排，开始变得澹然无求。
袁了凡在燕都（北京）入贡，在一年的时间内天天静坐，不读书。己巳年（1569），未人监学，袁了凡到栖霞寺拜访云谷禅师。两人对坐一室，三天三夜不睡觉。
云谷禅师问道凡人不能成为圣人，大多为妄念相缠。你坐了三天，不见有妄念，为何?袁了凡说：我的命运被孔先生算定了，荣辱生死都有定数，我怎么会有妄念呢。云谷道：我以为你是豪杰，原来只是凡夫。袁了凡问其原因，云谷说：人有心，所以被阴阳定数束缚。但是这只是对凡人而言，对于大善大恶之人，是不受阴阳定数的束缚的。你被孔长者算定，不差分毫，岂不是凡夫？袁了凡问道命数是可以改变的吗？云谷答广命由我作，福自己求。佛教典籍说‘求富贵得富贵，求男女得男女，求长寿得长寿’，佛祖菩萨如是说，怎么可能欺骗人呢?
袁了凡问道孟子说‘求则得之’，是求在我。道德仁义可以力求，功名富贵如何求得?
云谷说孟子说的不错，是你理解错了。六祖慧能曾说：‘一切福田，不离方寸；从心而觅，感无不通。’求在我，不独得道德仁义，也能得到功名富贵；内外双得，是求有益于得也。
接着，云谷禅师问道广孔长者推算你的命运是怎样的？袁了凡以实情相告。
云谷说你自己认为自己应该得科第、应该生子吗？袁了凡反省了很久说不应该。科第中人都有福相。我福薄，又不能够积德行善，不能容人，这些都是福分浅薄的表现，怎么能够科第呢。而且我好洁净、爱生气、好彻夜常坐，类似的过错太多了，所以也难有儿子。
云谷说你既然认识到了不发科第、不生子的原因，那就要积德、和爱，洗心革面，就一定能够改变命运。袁了凡相信了云谷禅师的话，于是将过去的种种过错在佛前尽情发露，向佛祖发誓行三千善事，并求登科。云谷把功过格给了袁了凡，令他每日把所做的事都记录下来，做了好事就记数，做了坏事就抵消好事。
袁了凡自此悟出了立命之学，改号了凡，开始变得战战兢兢，在暗室之中也恐得罪天地鬼神。到第二年（1570）科举考试，孔长者算考第三，袁了凡竟考第一，而且乡试又考中了举人。袁了凡从己巳年（1569）许愿，到己卯年（1579）才完成三千善事。等到庚辰年（1580），袁了凡为求子又在佛前许下三千善事，辛巳年（1581），妻子生下了儿子天启。到癸未年（1583），袁了凡许下的三千善事已经完成，于是又为中进士许下一万件善事。丙戌年（1586），袁了凡考中了进士，被授予宝坻知县。
根据袁了凡的自述，其命运从遇见云谷禅师后完全跳出了孔长者的推算。孔长者推其寿命五十九岁，而袁了凡到六十九岁的时候依然健康，于是写下了《了凡四训》一文来教导儿孙。为了让后人知晓自己改善命运的经验，袁了凡又写下了改过之法、积善之方、谦德之效三章。在上述三章里，袁了凡系统阐述了改善命运的方法。
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