奇门遁甲起源于四千多年前的黄帝时代，据《史记》记载：蚩尤作乱，不用帝命，于是黄帝乃征师诸侯，与蚩尤战于涿鹿之野，遂擒杀蚩尤。
当时，炎、黄二帝率部落东迁河北平原西部，定居于今天的桑干河附近，与南方的蚩尤九黎部落发生冲突。蚩尤联合巨人夸父部落占领炎帝部落的领地，于是炎帝向黄帝求助。在这种背景下，黄帝和蚩尤大战于涿鹿。
据说蚩尤能力非凡，身高七尺，刀枪不人，而且拥有呼风唤雨的本领。他用超能力制造出漫天迷雾，使黄帝部落在战场上迷失了方向。
战事的逆转出现在某天深夜。轩辕丘上惊天动地之声打破了夜的宁静，黄帝与众人被一道强烈的光芒惊醒。跑去一看，原来天空中出现了一道彩虹。一位仙女手捧玉匣走出彩虹，将玉匣送给黄帝。黄帝根据玉匣里的天篆文册龙甲神章的记载，研习行军打仗、遣兵调将的兵法，又制造出指南车和兵器，终于在迷雾中找到方向，打败了蚩尤部落。
后来黄帝命宰相将龙甲神章演绎成奇门遁甲一千零八十局，流传于世。经周朝姜太公，汉代黄石老人，传到张良手中，由张良演变成；现在人们所看到的奇门遁甲。
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