董仲舒将儒学著作与阴阳五行体系比附的天人感应论被统治者所接受，这种思潮愈演愈烈，直接导致了东汉末年谶纬学说的泛滥。所谓的谶纬，其实是谶与纬的合称。谶是秦汉间的巫师、方士编造的预言吉凶的隐语，向人们昭示未来的吉凶祸福、治乱兴衰。谶有谶言、图谶等形式。纬即纬书，是汉代儒生附会儒家经义的著作，主要宣扬儒学的神学化。谶大概起源于先秦时期，纬通常认为出现在西汉。后来谶、纬逐渐合流。谶纬以阴阳五行为理论基础，其学说夹杂了许多天文学、地理学的知识，但大多数荒诞不经，其作用主要为改朝换代制造君权神授的舆论。
到东汉初年，谶纬学说、谶纬学说与民间占卜盛行。东汉光武帝刘秀曾以符瑞图谶起兵，即位后崇信谶纬，宣布图谶于天下，谶纬之学遂成为东汉统治思想的重要组成部分，具有高度的神圣性。当时的儒生为了功名利禄，都要兼习谶纬之学。东汉时比较有代表性的谶纬学为七经纬:《易》、《书》、《诗》、《礼》、《乐》、《春秋》六经和《孝经》都附有纬书。在东汉时期，七经纬被称为内学，而原来的经学被称之为外学，谶纬的地位实际上在经学之上。
与西汉时期的天人感应说相比，谶纬学已经不再将重点放在天地万物的五行属性划分之上，而是主要阐述五行特性、干支符号si论。例如，《诗》纬书《诗•推灾度》对天干、地支的五行属性做了生动、详细的阐述：寅者，演也；即者，茂也，其曰甲乙。甲者，万物手甲也。乙者，物蕃屈有节欲出。时为春四月，阴中阳。故太阳见于已。巳者，物必起，状盛于午。午者，物满长。衰于未，未，昧也，其日丙丁。丙者，万物炳明；丁者，强也。时为夏七月，少阴见于申。申者，伸也。壮于酉，酉者老，物收敛。衰于戌，戌者灭也其日庚辛。庚者物更也，辛者阴始成，时为秋。十月太阳见于亥，亥者仰也。壮于子，子者滋也，衰于丑，丑者纽也。其日壬癸，壬者阴时任，癸者揆，度也。时为冬，土为中宫。其日戌己，戌者茂也，己者抑屈起也。
谶纬学说对五行特性、干支符号理论的完善直接推动了命理学理论的萌芽。命理学的最初形态——三命术就来源于谶纬之学。《礼•稽命征》云：按《后汉书》黄帝命大挠正甲子、探五行之情而定之纳音，后释之以致其用，而三命行矣。可见，东汉谶纬学是命理学最直接的理论基础。
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