《黄帝内经》形成了最完整、最系统、最深刻的生命科学学说，大可经天纬地，吐纳山川，微可洞察人体的气血经脉。中医并不是单纯治病的医学，而主要是治人的医学，治人而病自治，正是其神妙之处。《黄帝内经》强调，阴阳失调是疾病发生发展的根本原因，人体生命活动的正常状态，是阴阳两方面保持对立统一、协调平衡的结果；一旦人体的阴阳关系失调，阴阳平衡的状态遭到破坏，就会导致阴阳的偏盛偏衰而引起疾病。当阴或阳一方的变化积累到达极限的时候，就必然出现或产生对立面的特征。
《黄帝内经》认为，万事万物皆由木火土金水五种属性的基本物质而生成，这五种属性又可理解为事物的五种功能、作用，五行的运动变化构成了整个物质世界。阴阳五行学说从系统结构的角度观察世界、观察人体，有助于辨证地认识自然与人，认识人体局部与局部、局部与整体之间的有机联系，以及人体与生活环境的和谐统一，这是《黄帝内经》的生命模型；《黄帝内经》将阴阳五行融为一体，以阴阳五行思辨为核心，从某种意义上铸就了中华民族的生命意识和心理构造。
现代科学认为，客观存在有三种方式，一是物质，二是能量，三是信息；《黄帝内经》认为，人的五脏六腑等无疑是物质的，其次，气血的运行流转、阴阳二气的升降、五行的相生相克，则表现为能量形态，而人体内各器官的病变或阴阳变化，必定通过经络反映在体表，经络是信息的网络。
人的心理活动是整个人体的一种机能，五脏的病变可以导致精神病变，《黄帝内经》指出，许多疾病是因为情感性气机失调而发生的。
人体的气血运行与天地日月的运转相应，人体内阴阳之气的升降变化，也是与一天时间的阴阳变化相对应的，《黄帝内经》认为，人体气血阴阳的生理活动是与时间因素息息相关的，人体阴阳的消长受季节变异的影响，四季气候的变化影响人体经脉之气的运行，并且具有周期性、规律性的变化。
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