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时间回到公元1141年（绍兴十一年），金国自认已经无力攻打南宋，准备与宋和谈。宋朝开始借机压制统兵将领，尤其是坚持与金作战的岳飞、韩世忠两人。金在写给秦桧的信中说：“必须除掉岳飞，才能和谈”。
于是到了4月，张俊、韩世忠、岳飞三位将军从部队被调到了临安枢密院任职。
5月，张俊和岳飞到滁州看望韩世忠的军队时，暗中怂恿岳飞一起解散军队，但遭到岳飞的拒绝。秦桧于是又想陷害韩世忠，岳飞又保全了韩世忠。等岳飞回到朝廷以后，就立即遭到秦桧党羽万切、罗如基的弹劾。他指责岳飞“留淮”、“弃楚”，要求免去岳飞的职务。8月9日，岳飞被免去枢密院副使职，岳飞请辞回到江州庐山旧居归隐。
岳飞此时已经没有了兵权，但他受到的迫害并没有就此打住。秦桧指使，张君礼利用岳家军内部矛盾，恐吓王贵和王军，先举报张宪“叛乱”，再牵连到岳飞。
张俊私设公堂逼供张宪。在没有任何结果的情况下，编造了张宪的供词，称其接到了岳飞的飞鸽传书秘反。岳飞在江州待了很短一段时间，就奉命回临安。10月13日，岳飞被关进大理寺（原址今杭州小车桥附近）。此时岳飞的长子岳云也已下狱。
岳飞以正义的姿态面对审问，背露“忠心报国”的四个字。主审何铸看到了很感动。何竺发现了岳案的冤情，如实向秦桧汇报。”秦桧说：“这是（高宗）的意思，随后改万基负责此案。
但无论如何，岳飞三人都拒不认罪。岳飞宁死不自诬，以绝食抗争，经其子岳雷照顾，才勉强活下来。
到了11月7日，宋金“绍兴和会”，淮河以北的土地全部划归金国，宋向金称臣，每年向金奉供银绢各25万两匹。
和谈虽已达成，但岳飞仍在牢中，万俟卨等于是搜捕了岳飞“指斥乘舆”、“坐观胜负”等数条罪名，欲将飞一举定为死罪。
大理寺丞李若朴、何彦猷认为岳飞冤屈，力争保岳飞，于是遭罢官处分。布衣刘允升也为此上书为岳飞申冤，同时也被处死。此时韩世忠因岳飞入狱质问秦桧，秦桧回答：“飞子云与张宪书虽不明，其事体莫须有。”韩世忠愤怒道‘莫须有’三字，何以服天下？”
到了十二月廿九日（1142年1月27日），宋高宗下达命令：
“赐死岳飞。张宪、岳云等人按军法处置，命令杨沂中监斩，重兵防护刑场。”
就这样一代名将岳飞在大理寺狱中被杀害，时年39岁；岳云和
张宪皆斩首。岳飞在供状上只留下了八字绝笔：“天日昭昭，天日昭昭！”
岳飞死后，百姓们都为之哭泣；消息传到金国，金国大臣们为此酌酒庆贺，并说：“和议自此坚矣！”
狱卒隗顺将岳飞遗体运出杭州城，埋在钱塘门外九曲丛祠旁。隗顺临终前，始将此事告知其子。1162年（绍兴三十二年）宋孝宗即位，岳飞冤狱平反。改葬在西湖栖霞岭。1178年，岳飞追赠谥号“武穆”，宋宁宗时追封为鄂王，理宗时改谥忠武。
南宋朝廷在绍兴初年给岳飞升官的部分诏书中对岳飞的评价：
『（岳飞）料敌出奇，洞识韬钤之奥；摧锋决胜，身先矢石之危。』『（岳飞）千里行师，见秋毫之无犯；百城按堵，闻犬吠之不惊！』『（岳飞）精忠许国，沈毅冠军，身先百战之锋，气盖万夫之敌。机权果达，谋成而动则有功；威信著明，师行而耕者不变。久宣劳于边圉，实捍难于邦家。有公孙谦退不伐之风，有叔子怀柔初附之略。』
岳飞，在中国，几乎是一个家喻户晓的民族英雄。在他身上所体现出来的强烈爱国主义精神和宁死不屈的高尚情操，八百多年来，一直在感染和鼓舞着后来人。可以说，在中国人的心目中，岳飞已成了一面爱国统一的旗帜，廉洁奉公的楷模，蔑视权贵、伸张正义的正人，以身殉志、宁死不屈的英雄。
