公元前六-前四世纪古印度进入了十六雄国时代：这一时代印度次大陆上崛起了十六个较为强大的国家，与此同时也分布着一些小国。在当时古印度的种姓制下婆罗门和刹帝利两大阶层成为了统治者，他们残酷地压榨着百姓和奴隶。与此同时很多人开始思考为什么人与人生来就不平等呢？为什么人降生于世就会有生老病死、求不得、恨别离等苦恼呢？在这群思考者中就有迦毗罗卫国释迦族的王子乔达摩·悉达多。
相传乔达摩·悉达多在伽耶城一株高大茂密的菩提树下用大智慧观照宇宙人生的缘起本心，在经过长时间的思索之后进入了一种“明白”或“醒悟”状态，从此世人皆称他为释迦牟尼（意即释迦族的圣人）。释迦牟尼在菩提树下悟道成佛后在恒河流域向各阶层说法传教。公元前261年阿育王在统一印度次大陆大部分地区后开始向边陲地区和周边国家派遣了包括王子和公主在内的佛教使团。
斯里兰卡、缅甸乃至叙利亚、埃及等地都有他们辛勤的足迹。这是佛教走出印度，迈向世界性宗教的开始。张骞开通丝绸之路后佛教徒也像奔走在这条道路上的战士和商旅一样为自己的信念而四处奔走，目前史学界公认的说法是大约在公元前后佛教通过丝绸之路传入中原。不过由于当时正处于西汉、新莽、东汉三朝更替时期，人民流离失所朝不保夕，佛教未能在中原得到什么发展。
东汉年间汉明帝梦见一个头顶放射白光的高大金人降临在宫殿的中央。汉明帝正要开口问，那金人又呼的一声腾起凌空，一直向西方飞去。第二天朝会时汉明帝向群臣详述梦中所见，大多数人都不知其由。后来他有个博学的大臣说那可能是西域的佛陀，汉明帝于是派使者赴天竺求得其书及沙门。天竺僧人到达东汉都城洛阳后在此修建了中国第一座佛教寺院——洛阳白马寺，至此开始了这个宗教向中国传播的历史。
公元4-6世纪佛教从印度传入缅甸、柬埔寨等地。公元4世纪后半叶朝鲜半岛的百济国从中国引入佛教。6世纪佛教从中国经朝鲜半岛传入日本后在日本演化出净土真宗、日莲宗等诸多宗派。7—8世纪青藏高原的吐蕃王国从印度和汉地引入佛教后逐渐形成了独特的藏传佛教体系。10—14世纪越南进入佛教兴盛的时期。13世纪泰国素可泰王朝宣布奉佛教为国教。
佛教在传播过程中逐渐形成了汉传佛教、藏传佛教、南传佛教三大地理体系：汉传佛教主要流传于中国、日本、朝鲜半岛等地；藏传佛教主要流传于中国西藏、青海、甘肃、四川、云南等省区的藏族聚居区以及内蒙古、蒙古国、尼泊尔、不丹等地；南传佛教主要流传于缅甸、泰国、柬埔寨、老挝等东南亚国家以及南亚的斯里兰卡。这其中藏传佛教顾名思义是传到藏地的佛教。
事实上“藏传佛教”这个概念有两层含义：作为佛教分支之一的藏传佛教是在藏族地区形成，后经藏族地区传播到其他地区的；藏传佛教是以藏文藏语为媒介传播的。如今在我国的56个民族中除了藏族以为蒙古族、土族、裕固族、珞巴族、门巴族等民族也信奉藏传佛教，在我国之外尼泊尔、不丹、前锡金地区也有不少藏传佛教信徒，甚至远在欧洲伏尔加河下游的俄罗斯卡尔梅克自治共和国也信奉藏传佛教。
生活在上述地区的各民族尽管有各自的语言文字，但对于佛教的讲授、辩理、念诵或写作仍是通过藏语藏文完成的，所以藏传佛教又称为“藏语系佛教”。既然藏传佛教是在藏族地区形成后以藏语藏文为媒介向其他地区传播的，那么追溯藏传佛教的起源历史就应当从佛教传入藏族地区说起：公元7世纪统治青藏高原的吐蕃王国君主松赞干布同泥婆罗（今尼泊尔）与唐朝联姻。
泥婆罗尺尊公主和唐朝的文成公主分别于公元639和公元641年先后入藏。这两位公主入藏时都带着佛像、经典、法物与僧人。两位公主入藏后在拉萨修建了大昭寺和小昭寺。这被视为是佛教传入藏地的标志性事件。在佛教传入藏地之前青藏高原曾存在过名为苯教的本土宗教。早期的苯教信仰是一种类似于万物有灵论的原始自然崇拜：山有山神、水有水神......总之万物皆为神灵的化身。
原始苯教和流传于中亚、东北亚、美洲印第安部落的“萨满教”其实颇为类似，后来辛饶弥沃在改革原始苯教的基础上融入了新的教法从而创建了雍仲苯教。佛教传入藏地后与当地的苯教既有斗争又有融合。公元8世纪吐蕃第五代君主赤松德赞翦除反佛大臣后派人去长安取经，又礼请印度佛教名僧莲花生和寂护入藏弘法。二位高僧在藏地传播显、密两系佛教，从而塑造了日后藏传佛教大小乘兼学、显密双修的特点。
9世纪时吐蕃第八代君主赤祖德赞创立了“七户养僧”制度。公元838年（一说841年）赤祖德赞被反佛大臣谋杀，其兄弟朗达玛继位后对佛教采取的禁绝措施使佛教在藏地受到毁灭性打击。10世纪下半叶佛教在吐蕃新兴封建领主阶级的支持下得以复兴。1045年印度高僧阿底峡到卫藏传法，而我们如今所说的藏传佛教正是以此为标志正式形成。藏传佛教在其形成过程中实际上融合了很多苯教的因素。
今天藏传佛教的很多节日就是来源于苯教的节日。四川藏区就是历史上苯教盛行的地区，如今的旅游胜地九寨沟、黄龙等地就是苯教的活动中心。佛教在藏区尽管似乎是占领了舞台，然而实际上藏传佛教是由印度传入的佛教在融合当地的苯教之后才形成的。藏传佛教中有大量汉传佛教所没有的护法神，而这些护法神的来源最初几乎都可以追溯到苯教。
佛教在藏地传播的早期很难得到发展，这是因为藏地百姓不相信外来的神，所以佛教为了更好的发展佛教就大量接受了藏地本土的神。藏地的佛教在与苯教融合的同时也逐渐演化派生出不同的教派：宁玛派因僧人都戴红色僧帽而被称为红教；噶举派因僧人的僧裙中加有白色条纹而被称为白教；萨迦派因寺院围墙涂有象征文殊、观音和金刚手菩萨的红、白、蓝三色花条而被称为花教；格鲁派则俗称为黄教。
公元1239年秋一支蒙古军途经青康多堆、多迈和索曲卡进入前藏。蒙古军在藏北由于遭到部分武装僧人的反抗，烧毁了西藏佛教噶当派的寺院热振寺、杰拉康寺，数百名僧俗群众被杀。然而青藏高原险要的地理环境使蒙古大军很快在这里出现水土不服的现象。在这样的局面下蒙古人转而试图通过怀柔手段达到迫使吐蕃臣服的目的。公元1247年蒙古宗王阔端邀请西藏萨迦派活佛萨迦·班智达在凉州同自己会盟。
这次会盟最重要的产物就是《萨迦·班智达致蕃人书》——正是这一文件向历史宣告、向世界宣告：西藏从此正式划入蒙元版图，西藏属于中国。公元1260年十二月蒙古忽必烈可汗册封吐蕃萨迦派的八思巴为“国师”并命其率吐蕃语言文学者重新创制蒙古文字。公元1269年二月由八思巴创制的蒙古新字制成，忽必烈为奖励八思巴的功绩还加封他为“帝师”、“大宝法王”，统领全国佛教。
正是在元代藏传佛教开始由藏区传入蒙古地区。公元1369年明太祖朱元璋派遣官员持诏谕前往西藏着令各部归顺明朝，同年朱元璋又派遣陕西承宣布政使司的官员许允德前往藏地进行第二次诏谕。公元1370年明军攻取洮州、岷州并进克元朝的吐蕃等处宣慰使司都元帅府（脱思麻宣慰司）的治所河州，吐蕃宣慰使何锁南普遂降明。元顺帝病殁后原先忠于元朝的西北藏族首领陆续归附明朝。
1371年西藏的世袭封主镇西武靖王卜纳剌（元世祖忽必烈第七子西平王奥鲁赤的五世孙）携带元朝颁发的印信，率吐蕃诸部首领到南京向明朝纳款。公元1372年元朝册封的帝师喃加巴藏卜降明并接受明太祖朱元璋的册封。公元1374年明朝正式在藏区设置乌思藏都司和朵甘都司两大地方行政机构。明朝收缴了元朝授予藏族首领的印信，分别授予他们为河州卫指挥同知、靖南卫指挥同知，属下官吏也授千户、所镇抚等职。
明朝在确定藏区的都指挥使司、卫、所的行政体制后陆续委任藏族首领担任都指挥使司和卫所的官职。在藏区政教合一的格局下明朝除了在当地设立卫所、封以官爵之外，也加强了对藏传佛教各派首领的管控——明朝在藏区建立一套僧官制度。僧官分教王、西天佛子、大国师、国师、禅师、都纲、喇嘛等。各级僧官按明王朝制定的规则定期入京朝贡，各级僧官的承袭同地方卫所官吏的承袭一样必须获得朝廷的认可。
明朝对西藏的管理因此被形容为“多封众建、因俗而治”：通过敕封众多西藏首领，将帝师的地位拉低，从而使藏区各部首领、藏传佛教各派之间彼此牵制。元朝扶持的萨迦派政权在明朝已不可逆转地走上衰败之路，而噶举派帕木竹家族的势力却日渐发展壮大。在对帕木竹政权的情况有较为充分的了解后明朝就开始任命帕木竹政权的主要宗本为乌思藏行都指挥使司的官员。
晚明时期噶举派（白教）在藏传佛教中日渐式微，而格鲁派（黄教）的势力开始日渐强大起来。1616年帕木竹巴政权的领袖阿旺·纳姆伽尔在格鲁派势力的威胁下出走到今天的不丹地区，而格鲁派则确立了自己在西藏各教派中的统治地位。公元1652年藏传佛教格鲁派五世达赖喇嘛应召到北京觐见清世祖顺治皇帝，次年受到清朝正式册封。在清代时五台山、承德和北京等地都建立了藏式佛寺或佛塔。
藏传佛教在其发展过程中形成了独特的活佛转世制度：“活佛”一词在藏语中的发音是“朱古”。这个词指的是佛的转世化身。佛有法身、报身和化身。尚未成佛的菩萨或修行达到较高境界的大德对自己下一生如何转世也能自主。他们虽早已超脱轮回，但为普度众生还是会乘愿再来的。佛教史上很早就有转世化身之说，但只有藏传佛教形成了自己独特而固定的转世制度。
清乾隆四十九年（公元1785年）噶玛噶举红帽系第十世活佛确朱嘉措因为同当时实际执掌西藏政教事务的格鲁派达赖、班禅政权之间的纠纷外逃廓尔喀国（今尼泊尔）。廓尔喀国在确朱嘉措的煽动下发兵入侵西藏。乾隆皇帝派福康安率兵入藏平乱，福康安成功将廓尔喀国军队逐出西藏。福康安在西藏按乾隆皇帝旨意对西藏事务进行了整饬：严惩确朱嘉措的叛国行为，废除了噶玛噶举红帽系活佛转世。
从此噶玛噶举红帽系在西藏销声匿迹、不复存在。乾隆皇帝为使西藏长治久安，对外不受外人侵扰，对内治理有法可依就派人与达赖、班禅的僧俗要员商议制订出《钦定二十九条章程》，由此明确了关于活佛转世的金瓶掣签制度：在此之前每任达赖、班禅去世后就要寻找在其去世之时出生的转世灵童，然而同一个时辰出生的儿童往往不止一个，所以由谁继承达赖、班禅之位就容易成为教派内部争权夺利的冲突根源。
金瓶掣签制度就是把所有找到的灵童的名字用满、汉、藏三种文字写在签牌上。把这些写有灵童姓名的签牌放在一个金瓶里，选派有学问的活佛诵经祈祷七日，然后由各呼图克图和驻藏大臣在大昭寺释迦牟尼像前抽签决定谁是下一任达赖、班禅。如果只找到一名灵童也需要将写有灵童名字的签牌和一个没写名字的签牌共同放置瓶内，若抽中的是没名字的签牌就要另外寻找。
有清一代采取推崇黄教的政策以加强和巩固对蒙藏地区的统治。在清代藏传佛教的达赖喇嘛、班禅额尔德尼、哲布尊丹巴、章嘉四大活佛分别掌管着西藏、蒙古等地的黄教事务，与此同时西藏地区的政教势力也称清朝皇帝为文殊菩萨在人世间的化身。清帝逊位以后中华民国政府提出了汉、满、蒙、回、藏五族共和的政治口号，作为中国领土的西藏地方则延续清代传统视民国总统为文殊菩萨在人世间的化身。
1951年5月23日西藏和平解放。共产党人尽管是无神论者，但对少数民族的宗教习惯给予了充分的尊重。共产党使西藏的百万农奴翻身获得了解放，因此获得解放的藏族人民也把毛主席视为是文殊菩萨的化身。据中国宗教白皮书披露：全国现有藏传佛教寺院3800多座。2016年中国佛教协会公布的第二批藏传佛教活佛信息显示：中国境内现有活佛1311名，其他所谓的“活佛”、“仁波切”都没得到认证。