明宪宗朱见深（1464－1487年）在位二十三年，是明朝第八位皇帝。
朱见深在位期间，为于谦平反，巩固边疆，解决流民问题，比起他的父亲要有作为得多，但他最让后人常常提及的却是他专宠年长他十七岁的万贵妃的事情。
朱见深幼年时因他父亲的人生翻转而大起大落，太子之位从被立到被废，再到复立，可谓戏剧性十足，故他所受精神压力极大，因而落下个口吃的毛病。
十七岁时，朱见深从父亲手中继承了大明帝国。两宫太后为替他选择皇后可说是费尽了心思，但他偏偏是个“熟女控”，深爱着自幼便服侍他的宫女万贞儿。这可让新立的吴皇后气得恨不得吐血，一怒之下，她对万贞儿动用了杖刑，得知后朱见深怒不可遏，于是新皇后仅册立才一月便被废掉了。此后的王皇后处处忍让，只是个傀儡皇后罢了。
朱见深继位不久，门达便迫不及待地与东宫内侍王纶勾结，密谋由钱溥取代李贤辅政。结果，他们的阴谋被朝臣揭发，朱见深将门达发配到荒蛮的广西。袁彬官复原职，重新掌管锦衣卫。
这一年，南北两京、四川、湖广、荆襄地区的盗贼泛滥，年轻的朱见深坚决予以弹压。
成化元年（1465年）正月，朱见深任命赵辅为征夷将军，征讨广西瑶族的叛乱。至这年十二月，广西叛乱被平定。其中一个纪姓的土司女儿被俘后被充入宫中当宫女，没人想到，她后来竟是明朝最好的皇帝的母亲。
成化二年（1466年）八月,于谦的儿子于冕得以回乡，上疏为父于谦平反。朱见深下诏为于谦平反，此时距朱祁镇去逝才两年多，这可是需要极大政治勇气的行为。
成化三年（1467年），朱见深任命大将赵辅率军对反叛明朝的建州女真“捣其巢穴，绝其种类”。同时，朱见深又命令当时的藩属国朝鲜派出军队配合明军进剿。
在这次史称“成化犁庭”的战役中，李满柱（阿哈出之孙，建州女真因他而改称“满洲”，即“李满住的建州女真部”之意）和他的儿子被朝鲜军队斩杀。建州右卫首领首领董山（努尔哈赤的五世祖，也即曾祖父的爷爷）也在押送途中试图逃脱时被杀。
成化五年（1469年），善于投机钻营的万安通过李泰巴结其伯父司礼大太监李永昌得到了赏识，进入内阁参赞机务。入阁后的万安一面拉拢宦官，一面挖空心思地攀附万贵妃，在一番“努力”之后，他成了万氏的“族侄”，更与万氏的弟弟万通成为“连襟”。
成化六年（1470年）七月，朱见深得子朱祐樘。朱祐樘生母就是广西瑶族叛乱中被俘充入宫中的纪氏。关于万贵妃子遍害宫妃，毒死朱祐樘生母的种种恶行经不起推敲，基本上是胡说八道。
成化七年（1471年）冬，因出现天现慧星现象，首辅彭时上书后朱见深，要求恢复君臣便殿召见的惯例。哪知召见不久，万安突然叩头高呼万岁，于是这场事关国家议政会议就此草草结束了。万安因此被时人讥讽为“万岁阁老”。
万安本事不止如此。万安还无耻地通过向皇帝进献房中秘术，以讨得皇帝的欢心。次年，“马屁之王”万安如愿成为内阁首辅。
成化八年（1472年），在浙江余姚儒生王华的家里降生一男婴，他就是光照史册的思想家王守仁（王明阳）。
成化十一年（1475年）十一月，朱见深立皇子朱祐樘为皇太子。
十二月，朱见深下旨恢复了朱祁钰的帝号。朱祁钰生前对他不怎么样，朱见深却能以德报怨，实属难得。
成化十二年（1476年），朱见深在郧阳（今湖北十堰）设府，彻底解决了自元末以来的困扰明朝百余年的荆襄流民问题。该地处于湖广、陕西、河南三省交界处，是当时灾荒、战乱流民的聚集地，常有百万之众。
这一年，内阁中正直的商辂被排挤、免官，明朝朝政更加昏暗。
成化十三年（1477年），朱见深为加强对全国的控制设置西厂，任用太监汪直担任提督。西厂存在了五年，后随着汪直的失宠而裁撤。
成化二十三年（1487年）春，朱见深深爱的万氏暴病身亡，朱见深深受打击，哀伤地说：“万氏长去了，我亦将去矣！”
同年八月，明宪宗朱见深因忧伤过度病逝，时年四十一岁。
明孝宗朱祐樘（1487－1505年）在位十八年，是明朝第九位皇帝。
朱祐樘在位期间，勤于政事，重用贤能，一扫前朝的弊政，大明朝出现一片繁荣景象。朱祐樘一朝是明朝历史上难得一见的好时代，史称“弘治中兴”。
朱祐樘即位后，首先就罢免了以万安为首的尸位素餐的“纸糊三阁老”，尤其是在宫中发现了写着万安进献“房中秘籍”后，朱祐樘不禁怒斥万安“此大臣所为耶？”
弘治元年（1488年），朱祐樘重用王恕、马文升、刘大夏等正直能干的官吏。王恕主持下开展极其严格的官场考察，此后有一百多无能的官员被罢免。
这一年，朱祐樘封畏兀儿人罕慎为哈密忠顺王，意在加强对今新疆哈密的实际控制。但罕慎不久被察合台汗国分裂而来吐鲁番汗国阿黑麻所杀。由此，朱祐樘开始了与吐鲁番汗国对哈密的多次争夺。
弘治二年（1489）五月，黄河于开封及荆隆口决堤，造成明朝开国以来最大规模的水灾。
弘治六年（1493年）春，黄河又在张秋堤防决口，河患严重危及运河，阻断明朝南北运输的生命线。
刘大夏受命治理河患。经过两年多的努力，黄河不再经山东流入渤海，而是经徐州，由洪泽湖进淮河后入黄海。
弘治十二年（1499年），二十八岁的王守仁进士及第，从此正式走上中国的历史舞台。
同在这一年，年长王守仁一岁的唐寅（唐伯虎）和巨富江阴人徐经一起入京参加会试，几杯酒下肚，自信满满的唐伯虎地说自己一定会高中会元。然而事与愿违，不学无术的徐经买通主考官程敏政作弊的事情败露，徐经花大钱打通关节后并无大碍，而唐伯虎却因受到牵连，被捕入狱，从而永远失去了当官的资格。
此后，唐寅潜心书画，终成一代大家。至于所谓“三笑姻缘”的故事，不过是后人的演绎罢了。这里还要提一句，那位贿赂主考的徐经的曾孙就是后来大名鼎鼎的地理学家徐霞客。
弘治十三年（1500年），朱祐樘下令颁布《问刑条例》，对《大明律》中与现实不符的状态进行增补。从此律例并行更成为中国古代法律由明至清的一个重要特点。
朱祐樘勤政爱民，堪称是明朝难得一见的好皇帝，可贵的是他还是难得一见的好人。
朱祐樘幼年失母，他的父亲专宠万贵妃（传言他的母亲纪氏还是被万贵妃害死的），他内心的孤苦可想而知，但是他为人善良宽容，即位后并没有不株连万贵妃家族。他力行节俭，只在祭祀时用黄袍，还停用了昂贵的松江贡布。
更难得的是，朱祐樘一生坚持一夫一妻（张皇后），他爱妻名声甚至传到藩国，弄得人人尽皆知。张皇后在皇帝前自称“吾”，而不是皇后当用的谦称“妾”。后来在皇陵中，也是他们夫妻两人合葬，这也是绝无仅有的。
朱祐樘还是位发明家，伦敦罗宾逊出版社出版的《发明大全》一书，列举了人类300项伟大的发明，就把牙刷的发明权归到朱祐樘名下。
关于这位皇帝还有件趣事：朱祐樘曾开玩笑地让幼小的太子朱厚照拍打张皇后，太子从命，但让他打乳母时，朱厚照却不肯了。张皇后吃醋赶走了乳母，结果太子哭闹不止。
无奈，皇帝只好连续四次派宦官催乳母赶紧回宫，但乳母一脸傲娇状，说这户人家不好伺候，宁可自尽，也不回去。张皇后赶紧把之前没收的赏赐都送回来，朱佑樘又特旨重赏了乳母丈夫一家，这才把人请了回来。朱佑樘的宽厚与和善着实令人动容。
弘治十八年（1505年），北方发生大旱，朱祐樘在祈雨时染上风寒。
五月初七，一代明君病逝，时年仅三十六岁。汉文帝、宋仁宗、明孝宗被后世并列为“三代以下令主”。
朱祐樘去世后，其十五岁的长子朱厚照即位，次年改元为正德。
明武宗朱厚照（1505－1521年）在位十六年，是明朝第十位皇帝。
朱厚照是中国历史上最真性情的一位皇帝，堪称帝王中的“异类”。即位之初，朱厚照信用以刘瑾为首的时人称之为“八党”的八位宦官，自己则开启大玩特玩的模式，一面兴建“豹房”等娱乐设施以供自己淫乐，一面又多次“微服私访”，寻欢作乐。朱厚照因为自己生肖属猪，还曾一度敕令全国禁食猪肉。
这时的刘瑾依仗着皇帝的宠信，飞扬跋扈，肆意贪污，民间甚至戏称：京城俩皇帝，一个朱皇帝（正德皇帝），一个刘皇帝（刘瑾）。
正德元年（1506年）冬，王守仁因上疏为南京给事中御史戴铣等求情而触怒刘瑾，被杖四十，谪贬至贵州龙场（贵阳西北七十里，修文县）。
正德二年（1507年），朱厚照亲自指挥，在皇城之内、西华门附近开始建造新豹房，随即拎包入住。依照明朝的制度，皇帝都得住在乾清宫里，但这些祖训规矩对他显然没有作用。这新建宫殿当然具有享乐功能，但朱厚照对权力的把控也是毫不含糊的，显然这里更是他施展皇权的第二朝廷。
此时正在前往贵州途中的王守仁为摆脱刘瑾的追杀，伪造了跳水自尽的假象，才算逃过一劫。
正德三年（1508年），困居龙场的王守仁的思想有了质的飞跃，首次提出知行合一说，史称“龙场悟道”。
王守仁的知行合一说主要反对程颐、朱熹通过事事物物追求“至理”的“格物致知”方法，因为事理无穷无尽，格之未免烦累，故提倡“致良知”，从自己内心去寻找“理”，“天理”尽在“人心”。通过“致良知”就可以“安天下之民”、“成天下之治”。
朱子“理学”与阳明“心学”，都是以天下为己任。但朱子理学是面向君主，希望“得君行道”；而阳明心学则是面向民众，是“觉民行道”。作为“心学”集大成者，王守仁对中国人的思想行为影响极为深远。
正德四年（1509年）闰九月，王守仁谪戍期满，复官庐陵县（今江西吉安）知县。
正德五年（1510年），刘瑾派御史到各地清理屯田，实际上是变相搜刮地方，这一来就极大损害了军队利益。在宁夏的安化王朱寘鐇趁机打起“清君侧”的旗号，以讨伐刘瑾为名，起兵叛乱。但这场叛乱仅十八天就被平定了，朱寘鐇被赐死。
平定叛乱后，都御史杨一清与“八虎”之一张永联手，利用献俘之机，揭发了刘瑾的十七条大罪。朱厚照又惊又怒，下诏将刘瑾凌迟处死。
正德九年（1514年）秋，已是名声大噪的唐寅应宁王朱宸濠之聘来到南昌。唐寅在南昌住了半年，察觉到宁王心怀异志，机灵的唐寅于是开始装疯卖傻，幸运的被宁王“放还”。
正德十一年（1516年），王守仁升任都察院左佥都御史，负责镇压赣南、闽西山区的匪乱。王阳明充分利用了人心，打压与招抚结合，短短几年就将赣南一带带匪乱基本平定，解决了大明王朝数十年的心腹之患。
正德十二年（1517年）八月，不甘寂寞的朱厚照出了居庸关，来到边防重镇宣府(今张家口宣化区)。
十月，蒙古王子伯颜袭扰明朝边境。朱厚照大为兴奋，早就想建立伟业的他马上封“朱寿”（就是他自己）为总督军务威武大将军总兵官，率军出征。皇帝自降身份又为自己称臣的，中国历史上只此一位。
此战中，朱厚照体现出了不凡的军事天赋，他派少量部队牵制敌军主力部队，然后不断增加兵力来消耗敌军的锐气，朱厚照不仅与普通士兵同吃同住，甚至还亲手杀敌一人，极大地鼓舞了明军士气，战争最终以伯颜败退告终。
应州之战胜利后，朱厚照得意洋洋地加封自己为“镇国公”，令兵部存档，户部发饷，可谓出尽了“风头”。这场战役使得明帝国北方边境暂时安定了一段时间。
正德十四年（1519年）六月十四日，久怀异志、阴谋作乱的江西宁王朱宸濠杀死朝廷命官，率众起兵作乱。
王守仁当时正行至江西吉安与南昌之间的丰城，准备赴福建平定叛乱。听到朱宸濠叛乱的消息，王守仁立即赶往吉安，募集义兵，发出檄文，出兵征讨。王守仁用疑兵之计在南昌到处张贴假檄迷惑朱宸濠，声称朝廷派出的大军及在南赣、湖广、两广的共十六万正准备进攻宁王的老巢南昌。
宁王被搞得晕头转向，按兵不动十几天后才沿江东下。叛军攻下九江、南康（今江西星子）两城，逼近安庆。此时王守仁大军已集结完毕。王宁仁力排众议，兵力直指叛军兵力空虚的南昌，朱宸濠回兵只得救南昌。最终双方在鄱阳湖决战，经过三天的激战，宁王战败被俘，宁王叛乱历时仅三十五天后就宣告结束。
宁王叛乱让身在北京，一向不安分的朱厚照兴奋不已，自己终于又可以一展身手了。
八月二十二日，威武大将军“朱寿”再次率军披挂南征。但大军刚到达涿州（一说良乡），朱厚照就接到王阳明的捷报——叛乱被平定了。朱厚照闻报后跌足不已。
但人既出来了，总不能马上回去的，定要搞些声势。此后八个月，朱厚照在南方游游逛逛折腾个够才缓缓而归，途中居然又突发奇想：要把宁王放回去再作乱，由自己亲手擒回。众臣闻之无不目瞪口呆，险些吐出老血。
正德十五年（1520年）九月，在回程路上，玩兴大发的朱厚照在清江浦（江苏淮安市）驾小船捕鱼玩耍时不慎落水，患上了肺炎。
同年，奉国王曼努埃尔一世之命出使明朝要求通商的佛朗机（葡萄牙）药剂师、外交使臣皮莱资同火者亚三（来自满剌加的华人），抵达南京。
正德十六年（1521年）正月，朱厚照一行才回到北京。回到北京的朱厚照接见了皮莱资一行，这是中国与欧洲的第一次外交接触。
三月十四日，明武宗朱厚照因病情加重逝于豹房，时年三十一岁。朱厚照无嗣，其生母张太后与内阁首辅杨廷和决定，由近支的皇室、武宗的堂弟朱厚熜继承皇位。
四月二十二日，从湖广安陆州（今湖北省钟祥市）出发的朱厚熜抵达北京良乡。在这里，围绕着“继统”与“继嗣”的礼仪形式爆发了“大礼议”之争。从表面上看“大礼议”只是礼仪形式之争，而实际上这是皇权与阁权间的斗争。
根据朝廷礼制，礼部尚书毛澄请朱厚熜认明孝宗朱佑樘为“皇考”，尊亲生父母为皇叔父母，以皇太子的身份继承皇位。但朱厚熜并不接受，他对其右长史袁宗皋说：“遗诏以我嗣皇帝位，非皇子也。”
以杨廷和为代表的内阁又请求按礼部拟定的仪式，即新皇帝由东安门进入文华殿小住。次日，由百官数次递上劝进表，等新皇帝答应后，再选择吉日即位。此举又被朱厚熜拒绝。
双方僵持不下，最后张皇太后下令群臣妥协。朱厚熜在郊外行殿中接受劝进，从大明门入城，再拜见了大行皇帝的神前案几后，中午就正式继承帝位。
明世宗朱厚熜（1521－1566年）在位四十五年，是明朝第十一位皇帝。
朱厚熜是中国史上极为奇特的一位皇帝，在位初期，他勤于政务，力革时弊，开创了中兴的局面。后期，朱厚熜沉迷于道教，宠信奸臣，基本上不干事（毛泽东：“炼丹修道，昏庸老朽，坐了四十几年天下，就是不办事”），导致朝政腐败。
朱厚熜即位后，杨廷和等朝中大臣又要求他改称伯父明孝宗为父，伯母为母，而变其亲生父亲兴献王为叔父，生母为叔母。对于这一不近人情的主张，朱厚熜再次予以严词拒绝，并以退位来表示自己的决心。
正德十六年（1521年）七月初三，新科进士张璁上疏支持朱厚熜，即所谓“继统不继嗣”。此举得到朱厚熜的赏识。
嘉靖二年（1523年）六月，日本大名细川氏和大内氏势力各派遣对明朝贸易使团来华贸易，两团在抵达浙江宁波后因为勘合真伪之辩而引发冲突。大内氏代表宗设沿路烧杀抢掳，对当地居民造成很大损害，追击的备倭都指挥刘锦、千户张镗等明朝官兵战死，整个浙中为之大震，这就是史称中的“争贡之役”。
事件发生后，给事中夏言建议罢市舶，厉行海禁。明朝廷接受建议，实行海禁，废除福建、浙江市舶司，仅留广东市舶司一处，此举导致明朝与日本的贸易途径断绝，倭寇滋生，为后来的“东南倭祸”埋下了伏笔。
嘉靖三年（1524年）正月，地位已稳固的朱厚熜同意杨廷和致仕归里。
七月，杨廷和之子杨慎被杖责罢官，谪戍云南永昌卫。杨慎才华横溢，那首脍炙人口的《临江仙·滚滚长江东逝水》那是千古流传的佳作，诗文如下：
滚滚长江东逝水，浪花淘尽英雄。是非成败转头空。青山依旧在，几度夕阳红。
白发渔樵江渚上，惯看秋月春风。一壶浊酒喜相逢。古今多少事，都付笑谈中。
至此，历经三年半的缠斗，朱厚熜终于取得了“大礼议”最后胜利。
嘉靖七年十一月二十九日卯时（1529年1月9日8时），从广西平定叛乱的北返的王阳明病重，逝于江西南安府大庚县青龙港（今江西省大余县境内）舟中，时年五十七岁。
临终前，他身旁的弟子问王阳明：“先生，有何遗言？”王阳明泰然回道：“此心光明，亦复何言！”
嘉靖十四年（1535年）春，力推改革、多有建树的张璁因病致仕。随着他的离开，朱厚熜逐步丧失进取精神，日益沉迷于“修仙”了。
嘉靖十五年（1536年），南京吏部尚书严嵩赴京朝觐，被朱厚熜赏识留在身边，任礼部尚书兼翰林院学士。严嵩马屁功夫了得，投其所好为崇上道教的皇帝撰写青词，从此平步青云。
嘉靖十九年（1540年）八月，朱厚熜在道士段朝用的鼓动下，决定专心修炼，让太子来监理国事。只有当时任太仆寺卿的杨最上疏直言劝谏，结果反被朱厚熜廷杖打死。此时的朱厚熜的昏暗混账可见一斑。
朱厚熜变态的不止如此，他对自己的皇后也极为冷酷，他的第一个陈皇后，只是因为嫉妒其他的妃子，抱怨了几句。就被他一脚踹在肚子上，导致流产大出血，不治而亡。他的第二任皇后也被废掉，郁郁而终。至于他的第三任皇后，因宫中失火被困，但他拒绝施救，致其葬身火海。
更加令人发指的是，他为求长生所制作的丹药有两种成分，其中一种是红铅，就是处女的经血混合一些药物炼制而成的。于是，他命人给宫女服下催经的药物，但是这种药物对宫女的身体危害非常大，有些宫女因此发生血崩，只能等死。为以免她们把这消息传到外面，朱厚熜将她们残杀，多达二百多人。
嘉靖二十一年（1542年），朱厚熜命宫女们清晨采集甘露兑服参汁以期延年，致使上百名宫女病倒。
忍无可忍的宫女们以杨金英为首，决定杀死暴君。一天夜里，她们将一根早已打好了结的绳子套进了朱厚熜的脖子里用力拉扯，但让人叹息的是因打了死结，反杀不死他，她们又用钗、簪等物刺向朱厚熜。这时其中一个胆小的宫女因害怕而产生了动摇，竟向方皇后自首。方皇后赶到，将宫女们制服、并下令凌迟处死。这就是史称的“壬寅宫变”。
同在这一年，一个南直隶（今安徽歙县）人来到是日本的平户岛（属今日本长崎县），被藩主松浦隆信奉为上宾，他就是后来的倭寇首领王直。
王直专门从事日本——中国——东南亚的海上贸易，由于明朝实行海禁，王直从走私中获取暴利成为富商巨贾。此后，王直以松浦津为基地，“业务”越做越大，并且将葡萄牙当地的火绳枪仿制一批后传到了日本，这就是日本铁炮的由来。
嘉靖二十三年（1544年），时年仅十六岁的戚继光继承祖上的职位，出任山东登州卫（今蓬莱市）指挥佥事，“一代战神”走上了历史舞台。
同在这一年，葡萄牙人去日本途中经商，路经台湾，惊呼“福尔摩萨”（意为美丽的岛），如今台岛上的某些奴相十足的缺钙的无脊椎动物就以此称呼自己的家园。
嘉靖二十六年（1547年），二十三岁的张居正中二甲第九名进士，授庶吉士，正式登上中国历史的舞台。
同在这一年，在东欧大地上，莫斯科公国大公伊凡四世加冕为沙皇，俄罗斯国家诞生。一百年后，这个侵略性的国家向东方扩张的脚步到达黑龙江流域，与中国发生碰撞。
嘉靖二十七年（1548年），因反对朱厚熜沉迷道教，内阁首辅夏言被这位暴君杀害弃市（指斩首后不允许收尸）。夏言是明朝崇祯朝以前唯一被杀的内阁首辅。随后严嵩上位成为首辅，严嵩、严世蕃父子开始了权倾天下，长达二十年的专权。
同在这一年，明朝军队剿灭了在宁波外海的双屿港一带的走私商和海盗，王直自立为船主，以金塘岛马迹山为据点，收拢海商、海盗残部。
嘉靖二十九年（1550年），蒙古土默特部首领俺答汗兵临北京，以武力要求明朝政府开放边贸（为了交换得到中原的铁锅、布匹等），史称庚戌之变。明勉强答应了其的要求，蒙古退兵。次年，明朝开放马市，双方关系趋于缓和。
嘉靖三十年（1551年），在明朝地方官员默许“私市”的暗示下，王直主动配合官府平定了陈思盼等多股烧杀掠夺的海盗。王直迅速壮大，很快便成为了东亚、东南亚地区的海上霸主，史称“三十六岛之夷，皆听指挥”。
在这一时期，明廷与王直的关系相对融洽，王直的部下甚至可以堂堂正正的在苏州、杭州等地的大街上与百姓进行买卖。但这海盗多如牛毛，王直并没有将海盗肃清的本事，况且他的手下一部分人更是觉得还是抢来得快，于是引导倭寇袭击中国内地。明朝认为是王直主使和策划了这些“入寇”事件。
嘉靖三十二年（1553年）闰三月，明总督王忬派遣总兵俞大猷率官军偷袭沥港围歼王直,但因海上忽刮大风，王直侥幸活命，败走日本。王直在平户自封“徽王”，还率领日本浪人多次攻打中国沿海，在江浙闽粤地区烧杀掳掠，民众苦不堪言。明朝苦于应付倭患，后接受了胡宗宪招降王直的建议。
同在这一年，葡萄牙人取得入居澳门的特权。
嘉靖三十三年（1554年）四月，胡宗宪受命出任浙江，总督南直隶、浙、福等处军务，负责东南沿海的抗倭重任。胡宗宪善待国内的王直的父母妻儿，和王直取得了联系。
同年，两次会试都没考中的海南琼山（今海口市）人海瑞被广东布政使司（等于现代省级最高行政长官）指派到福建延平府南平县当教谕（中国古代的正式教师），这一年海瑞四十岁。
嘉靖三十六年（1557年），明朝使臣蒋洲在王直的帮助下，和日本山口、丰后二国的国主源义长（即大内义长）、源义镇（即大友宗麟）都达成了协议，日本归还被掠人口，并备方物入贡。
同年十月，王直率领部分人马和贸易船队及日本使者前往浙江，但是途中遭遇台风，蒋洲的船只先行到达，遭到官方的怀疑，因此蒋洲遭到逮捕。王直在舟山犹豫不前，被明朝水师包围，经胡宗宪赴定海关，向其投降。
胡宗宪劝汪直至杭州拜谒巡按王本固，王本固竟利用招降的机会突然直接将王直抓捕并报送朝廷。王直连声追问：“吾何罪？吾何罪？”并上《自明疏》给朱厚熜。然而明廷不予理会，并命令攻击舟山的朝贡船队，此后王直的旧部多次进犯福建沿海。
嘉靖三十七年（1558年），在浙江同倭寇作战的戚继光正为官军素质太差，战斗力不强，士兵屡屡溃散而苦恼。这时，胡宗宪将义乌乔亭人冯子明介绍给戚继光。戚继光听冯子明说起义乌农民为保矿而勇猛战斗、不怕死的事迹，决心去义乌招兵。
次年，戚继光带领招募到的四千新兵前往绍兴进行严格的训练，这就是后来所向披靡的“戚家军”。
嘉靖三十八年（1559年），在赫图阿拉（今辽宁省抚顺市所辖新宾县）建州左卫一个小部酋长的家里出生了一个男孩，取名努尔哈赤。
就在这年的十二月二十五日，王直被斩首于浙江省杭州府官巷口。临刑前，王直感叹：“死吾一人，恐苦两浙百姓。”果然被他言中，在他被斩首以后，众倭寇群龙无首，没有约束，东南沿海一带再度陷入了严重的倭患之中。
王直做为“东方商人”和“大明国的儒商”备受推崇，被日本商界视为典范，其塑像立于日本长崎县平户市松浦史料博物馆外。
嘉靖四十年（1561年）四月至五月，戚继光率领戚家军在台州（今浙江临海）附近的新河、花街、上峰岭、长沙等地连续九次挫败倭寇，史称“台州大捷”，亦称“台州九战九捷”。此后几年，经戚继光、谭纶、俞大猷、唐顺之等人努力，中国南方的倭患逐渐平定。
就在这一年，北京皇宫发生大火，永寿宫被烧毁，严嵩建议皇帝移居南苑重华宫，这原是景泰帝囚禁英宗之地，严嵩因此而失宠，徐阶弹劾严嵩。
嘉靖四十一年（1562年），严嵩被没收家产，削官还乡，其子严世蕃被判斩首。
嘉靖四十五年（1566年），在户部任职的海瑞上《治安疏》，严厉批评嘉靖帝。嘉靖帝看到“嘉靖，家家乾净”等勃然大怒，命左右“趣执之，无使得遁”，司礼监掌印太监黄锦说：“此人素有痴名。闻其上疏时，自知触忤当死，市一棺，诀妻子，待罪于朝，僮仆亦奔散无留者，是不遁也。”嘉靖帝沉默半天，将上书留中不发数月。
嘉靖四十五年十二月（1567年1月），明世宗朱厚熜于乾清宫去世，时年六十岁。其第三子朱载坖（jì）继位，改元隆庆。
这里要提一句，朱载坖名字才是正确的，历史上的名叫“朱载垕”的，另有其人，那就是齐东安和王。
明穆宗朱载坖（1566－1572年）在位六年，是明朝第十二位皇帝。
朱载坖在位时间期间，任用贤能，兴利除弊，为国家再次走向兴盛做了准备。朱载坖的执政时间虽不长，但还是颇有些作为的，相较他混蛋的老子，他堪称明君。
隆庆元年（1567），朱载坖宣布废除海禁，允许民间私人远贩东西二洋，史称“隆庆开关”。
“隆庆开关”对中国经济发展起到了推动作用，加强了与世界的联系。更重要的是，此后白银大量流入中国，成为中国的主要货币，到明亡时海外流入大明朝的白银总数大约为3亿3千万两，相当于当时全世界生产的白银总量的三分之一。
白银的注入也给明朝带来了极大的隐患：因为中国不是白银主要产地。白银过量流入致使物贵银贱（通货膨胀）；白银流入不足的时，又会导致迅速跌入通货紧缩。后来崇祯时期的白银进口急剧减少，导致两个灾难性后果：一是百姓折成白银的纳税负担骤然加重，二是政府折成白银的税收大幅减少，前者引发农民暴动，后者削弱了政府采取军事行动的财力，这是导致明朝在内忧外患中灭亡诱因之一。
随着朱载坖下令开关后，海外贸易的壁垒被打破，倭寇活动逐渐趋于消亡。在此情况下，朱载坖调戚继光总管京城门户防卫与东北边防，又升任李成梁为辽东总兵，积极防御东北边患。
李成梁的祖上在唐末之乱时入朝鲜半岛，高祖李英从朝鲜半岛迁居到铁岭，任铁岭卫指挥佥事。李成梁镇守辽东三十年，抵御蒙古，遏制女真，多有建树。
隆庆二年（1568年）七月，徐阶终因年迈致仕。
隆庆三年（1569年），高拱成为首辅。高拱为人恃才傲物，开始清算徐阶。耿直的海瑞被高拱派去整治徐阶，海瑞号称“海阎王”，刚正无私，硬是将徐阶的儿子充了军。徐阶叫苦不叠，花三万两银子向张居正求救。高拱得到了消息，又将张居正怼得魂不附体。两人自此交恶。
隆庆四年（1570年），蒙古人俺答汗的孙子把汉那吉因家庭纠纷一怒之下携妻大成比吉等十余人于败虎堡（山西平鲁县境内）降明。
关于这段史实，记叙矛盾：一说是，俺答汗夺爱娶了把汉那吉的意中人钟金（三娘子）；一说是，钟金本来已许给了袄儿都司部（鄂尔多斯），俺答汗为了平息人家的怒火，就把孙子所聘的小妾赔给了人爱。总之，这个偶发的“桃色事件”成为历史上著名的明蒙“隆庆和议”继而“俺答封贡”的转折点。
把汉那吉降明后，俺答举全鞑靼之兵到明朝边界要人，时任宣府大同总督王崇古坚守不出。在内阁大学士高拱和张居正的策划与安排下，明朝派出使者与俺答谈判，要求用把汉那吉交换了背叛明朝投奔鞑靼十余年的汉奸赵全。
这年十二月，俺答汗以逃入自己领地的白莲教教首赵全等人换回了把汉那吉。朱载坖亲临午门门楼进行受俘礼，当天就将赵全施以“磔刑”（即“千刀万剐”），其首级被送到明朝九边示众。
隆庆五年（1571年），明朝与俺答汗达成了封贡及互市，明朝册封俺答汗为顺义王，史称隆庆和议及俺答封贡。
由此，明蒙之间结束了长达二百多年的战事，双方再无大的冲突，开始了七十多年的和平。而影响更加深远、持久的人口大迁徙“走西口”，也从此拉开了序幕。在中国历史上，走西口、闯关东、蹚古道、下南洋、赴金山,是中国五股大的移民浪潮。
隆庆六年（1572年）五月二十六日，明穆宗朱载坖死于纵欲过度，时年三十六岁。皇太子朱翊钧即位，次年改元万历。
