奇门遁甲的流派很多，运用方式也各有侧重。
从功能上，可分为法术奇门、方位奇门、占卜奇门。法术奇门侧重于玄学符令的应用，久已失传。方位奇门和占卜奇门使用率比较高。
从布局方式上，可分为年家奇门、月家奇门、日家奇门、时家奇门等常见流派。
年家奇门以年为主布局，月家奇门以月为主布局，日家奇门以日为主布局。时家奇门以具体时间来布局，使用范围最广。年家奇门和月家奇门
只用阴局，日家奇门和时家奇门阴阳局都用。
从盘式上，可分为转盘奇门和飞盘奇门两类。转盘奇门是依照天体运转的规律去排盘，实际是对天体进行模拟。而飞盘奇门是按照九宫格去排盘，实际是感应气流磁场的规律。
从起局方式上，可分为置闰法、拆补法和茅山道人法。
除此之外还有其他划分法。各大流派在断局方式上也有不同，有的用神比较灵活，有的用神比较固定。
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