奇门遁甲的流派很多，运用方式也各有侧重。
从功能上，可分为法术奇门、 方位奇门、 占卜奇门。 法术奇门侧重于玄学符令的应用，久已失传。 方位奇门和占卜奇门使用率比较高。
从布局方式上，可分为年家奇门、 月家奇门、 日家奇门、 时家奇门等常见流派。年家奇门以年为主布局， 月家奇门以月为主布局， 日家奇门以日为主布局。时家奇门以具体时间来布局，使用范围最广。年家奇门和月家奇门只用阴局， 日家奇门和时家奇门阴阳局都用。
从盘式上，可分为转盘奇门和飞盘奇门两类。 转盘奇门是依照天体运转的规律去排盘，实际是对天体进行模拟。而飞盘奇门是按照九宫格去排盘，实际是感应气流磁场的规律。
从起局方式上，可分为置闰法、 拆补法和茅山道人法。
奇门遁甲按时代的差异和流派构成又分为，明清以前以排兵布阵风水诸事运筹为主，较注重方位者均研习飞盘奇门，明清及以后专以预测日常大小事为主者多研习转盘奇门，其问也有个各派别在研习飞转奇门，如张光著的《奇门遁甲卦例集锦》，专讲飞转奇门。现今各家大都以研习转盘奇门为主。在现今研习的转盘奇门中，河南刘广斌先生主张使用地盘八神而形成刘氏奇门。现今还流行有王凤麟先生的道家阴盘奇门，刘卫的天机奇门和有将古巴比伦十二星座配十二地支分列9宫形成的新式奇门，它们都是在时家奇门的基础上演化而来的。
从奇门遁甲的历史流派及门类看，奇门遁甲渐渐由古代的排兵布阵风水诸事的运筹，慢慢向以日常生活百事的预测转变，由飞盘向转盘转变，这些转变一是反应了时代科技与人的认识在不断进步，二是反应了奇门遁甲不再神秘不再为少数人利用，越来越接近百姓的日常实际生活需要，尤其是现代多用于前途机遇、健康病理、经营谋利、市场营销、企业管理、经济建设、商业竞争、证券市场等预测活动。不管是过去还是现在，奇门遁甲都较为社会所重视，所以它便成为历代政治家、军事家、谋略家、商贾的必修之课。
除此之外还有其他划分法。各大流派在断局方式上也有不同，有的用神比较灵活，有的用神比较固定。
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