《系辞》说：天下何思何虑？天下同归而殊途，一致而百虑。这几句是解释《咸》卦九四爻辞憧憧往来，朋从尔思的，它透露出《易传》作者在战国秦汉之际学术整合大趋势的特定背景之下试图弥纶天地之道、包容百家学说的信息。《周易》本身的特点有利于它对各种学说兼收并蓄。《易传》认为《周易》为一切义理之源，所有的学术都应该在它的视野之中。因此《易传》在借阐释卦象宣传儒家思想的同时，也吸收了道、法、墨、兵各家思想。例如，《易传》吸收老庄关于阴阳气化的学说来解释道与神明。《系辞》说：一阴一阳之谓道，阴阳不测之谓神。《易传》还吸收老庄关于矛盾双方向对立面转化的思想，提倡谦虚而力戒满盈，以便将变化控制在不发生质变的一定范围之内。《易传》提倡天下无道则隐，如《乾文言》在解释《乾》卦初九爻辞潜龙勿用时说：龙德而隐者也，不易乎世，不成乎名，遁世无闷，不见是而无闷，乐则行之，忧则违之，确乎其不可拔，潜龙也。这与老庄谦退避世主张及其内虚外顺的处世哲学相近。《易传》也吸收了某些法家观点，如《蒙》卦初六象辞说：利用刑人，以正法也。《噬嗑》彖辞说：柔得中而上行，虽不当位，利用狱也。该卦象辞也说：雷电噬嗑，先王以明罚敕法。《丰》卦象辞说：雷电皆至，丰。君子以折狱致刑。《旅》卦象辞说：山上有火，旅。君子以明慎用刑，而不留狱。这些用狱尚刑的思想都与儒家尚德不尚刑的思想明显不同而接近法家。《系辞》说：古之葬者，厚衣之以薪，葬之中野，不封不树，丧期无数。这是申述墨家薄葬之义。《师》卦初六象辞说：师出以律，失律凶也。这又是在宣传兵家思想。这些材料表明《易传》广采百家之说，绝非儒者一家之言。
《史记》与《易传》有着共同的学术背景和学术目标，《太史公自序》载司马谈《论六家要指》，以《易传》殊途同归百虑一致之说为指导思想：《易大传》：‘天下一致而百虑，同归而殊途。’夫阴阳、儒、墨、名、法、道德，此务为治者也，直所从言之异路，有省不省耳。他认为诸子百家都是言治之书，虽然各家观点互相矛盾、分歧乃至对立，但这些歧异只是立论的角度和侧重点不同，诸子百家都是为现实和未来政治设计方案，他们在为帝王政治服务的宗旨上是彼此一致的。大家都有一个共同的目的地，只是各家所走的路途不同而已。因此诸子百家是百虑一致、殊途同归的关系。在司马谈同时或稍前，《淮南子》也有类似的思想表述，但不及司马谈明确。《论六家要指》虽出于司马谈之手，但百虑一致、殊途同归作为一种思想方法，却被司马迁完全继承下来，并在整合经学、百家学过程中得到最彻底最忠实的实施。
《论六家要指》本来希望百家同归到黄老道家去，但是随着司马谈由道而儒的思想转变，同归的目的地就不再是道家，而顺理成章地归向儒家六经。《史记•十二诸侯年表》所开列的《春秋》传记系列，除了《左氏春秋》、《铎氏微》及董仲舒著作之外，还有被人们列为儒家的《虞氏春秋》、《孟子》、《荀子》、《公孙固》、杂家的《吕氏春秋》、阴阳家张苍和法家韩非等人的著作。这就明确地告诉人们：孔子《春秋》是战国诸子百家的源头，经学是百家学的大宗，百家之学可以通过不同途径走向经学的归宿。整齐百家杂语，就是要将立论殊方的百家杂著整合成一个统摄在经学之下的互相协调的学术体系。以这样宽容、变通、联系、整合的思想方法来看待战国诸子百家之学，司马迁对诸子百家不是一概排斥全盘否定，而是采取舍短取长、批判地扬弃的态度，公正客观地分析各家学说的利弊得失。在诸子百家之中，《史记》吸收最多的是道家。《吕太后本纪》、《孝文本纪》、《孝景本纪》、《曹相国世家》、《陈丞相世家》等汉初人物传记，都毫无保留地赞美汉初以黄老为治所取得的政治实绩，肯定道家淸静无为、以柔克刚、功成身退的思想。文景之治与汉武帝多欲政治的对比，更使司马迁加深了对黄老道家学说价值的认识，《史记》的有些篇章确实含有怀旧的情思。但这并不意味着《史记》的主导思想就是黄老道家，黄老学说的价值是在周秦之间文敝的情况下才显示出来，并不是说黄老学说在任何时候、任何情况下都是最好、最高的治国理论。从《史记》记事倾向推测，司马迁主张在六经旗帜之下酌取道家清静无为思想，将有为政治控制在不过分劳民的一定范闱之内。如何评价法家是司马迁无法回避的重要政治学术问题。汉人因秦王朝严刑峻法导致亡国而对法家多持批评态度，司马迁本人也曾亲身领略过酷吏的毒螫。他在《史记•秦始皇本纪》、《商君列传》、《李斯列传》、《袁盎晁错列传》、《酷吏列传》等篇章中批评法家的刻薄寡恩、惨无人道，表现出一种发自内心的厌恶之情。但他对法家奖励耕战的立国之策、令行禁止的作风、维护统一的立场和治理乱世的作用却没有否定。《商君列传》即如实地记载了商鞅变法给秦国带来的富国强兵的实效，即使对千夫所指、万人唾骂的秦王朝，《史记•六国年表》也敢于说世异变，成功大。《酷吏列传》实录了汉武帝任用酷吏狂捕滥杀的弊端，但《史记•太史公自序》又客观地指出民倍本多巧，奸轨弄法，善人不能化，唯一切严削为能齐之，这说明汉武帝任用酷吏实出于不得已。司马迁还吸收了法家关于法后王、礼因人情而损益等思想观点，这说明以法家适当补充六经并非绝无可能。阴阳五行学说是汉初广为各派吸收的显学，《史记》中的五德终始说、受命改制说、承敝易变说、天降祥瑞说，都来自阴阳学派，阴阳、五行、三统，构成《史记》天人宇宙观的总体框架。但是《史记》抛弃了阴阳家种种使人拘而多畏的禁忌和教令，像《礼记•月令》、《吕氏春秋》十二纪所说的按月令行政的模式，尤为《史记》所不取。纵横家是战国多元政治的特定产物，由于纵横家朝秦暮楚、一切以个人利益为指归的价值取向与中国重纲常伦理、讲仁义信用的文化背景背道而驰，因而进入封建社会正常状态的汉人对乱世的纵横家多持否定态度。司马迁在客观地记载纵横家不择手段地猎取卿相富贵的同时，运用经学家的权变概念，突出纵横家的权谋在统一天下过程中所起到的重大作用，认为战国之权变亦有颇可采者；并从及时立功名的角度，肯定了苏秦、张仪等大纵横家从社会底层走向政治顶峰的非凡才能，欣赏他们运亡为存、纵横捭阖、主宰天下命运的英雄风采。中国早期军事战略家在长期的征战中创造了丰富的军事理论，这一份珍贵的遗产也为司马迁所继承，《史记》以肯定的态度记述了从商周到秦汉一些大军事家的兵法权谋，保存了中国历史上许多有名的战例，采纳了兵家的奇正说、兵者诡道说等军事理论，并创造性地将战场与商场、兵战与商战联系起来，从兵家角度论载货殖活动。墨家在汉代以后基本上退出了政治学术舞台，所以《史记》对墨家的记载和评价比较简略，大体上还停留在《论六家要指》的水平。对《管子》，《史记》采用了其中的仓廪实而知礼节说、人性好利说等理论。司马迁对贾谊这位汉初最大的思想家也多有汲取，贾谊肯定秦王朝统一天下的功绩而批判秦统一之后仁义不施，认为攻守之势不同，秦王朝的失误就在于不能做到逆取而顺守。《史记》所持的正是这一观点。其他如贾谊所倡导的削藩说、改制说、天运循环说、礼义教化说、砥砺士节说、崇势说、审微说、五百大运说等等，均为《史记》所采纳。司马迁以前和同时代的学者都难免于学派门户争斗，而司马迁则超越了学派之争，他善于协调众说以构成一个和谐的文化学术体系。《史记》是学术的渊薮，思想的宝库，没有哪一典籍像《史记》那样，吸收了那么多的学说观点，而各种学术观点之间没有冲突和矛盾。从这一点说，太史公是《易传》真正的功臣。
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